传染病医院的规划与设计应充分重视医院内外环境的卫生安全，既要防止院区外污染环境对院内医疗区的干扰污染，更要防范院区内污染源的管理与控制，不造成二次污染。病患者使用接触过的一次性用品、污染梯、纱布、食物残渣、病患者的排泄物以及检验用血样、体液标本、病理组织标本等均应根据不同传染病种采用有效对路，适宜的合理的定点定人收集渠道，采用可靠的无菌消毒处理措施。 

传染病医院医疗垃圾收集、焚化，医院污废水汇集处理应予以高度重视，统一规划同步建设。如采用机械通风空气调节系统时，应特别注意建筑物内的气流组织。严格保证清洁区空流流向次清洁区再流向污染区。即应当对清洁区、次清洁区与污染区的气疏压力形成级差，由清洁区向次清洁区、污染区依次递减，严禁倒流。

新建传染病医院应综合考虑患者就诊方便与医院与周围环境相互影响，投资运行费用合理等技术经济的多个因素。为保证传染病医院的有效卫生隔离。新建医院院址应远离城市人群密集活动区，包括高密度居民区、幼儿园、小学校等教育设施以及商场、俱乐部等商业文化设施。如用地无法相互躲让，应采取必要的防护距离设置绿化隔离带。

传染病医院运行使用将产生医疗固体废弃物、污染污废水。如设立锅炉、焚烧炉将可能产生并排放烟尘，应采取相应有效防范措施。在选址时注意选择位于城市常年主导—厂风向。如无法安排应将院区污染排放点合理安排，尽量减少对院区周边环境的影响。 应根据医院规模设置2~3个院区出入口，院区的主要出入口应避免安排在交通主干道上以免造成交通车流阻断。大型传染病院可分设门急诊出入门、住院探视出入口及后勤保障、污物出入口。较小规模医院可将前者合设。

传染病医院位于近郊区或远郊区时，应事先协调病患者就医转诊交通工具。院区内应按照所在城市交通部门要求标准设置相应足够数量停车位。并按要求合理比率分配地上与地下停车位数。大型医疗设施应考虑病患者与医疗下作人员停车场地的划分。

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